事業譲渡では形式上「退職・再雇用」となる場合がありますが、 実態として業務内容・職場・指揮命令系統が変わらず継続勤務と評価される場合、 行政通達（昭和63年基発150号）は 勤続年数を通算して扱うことを認めています。

そのため、 通算勤続年数に基づき法定付与日数を計算し、 時効（2年）を過ぎていない有給残日数を引き継ぐ運用が、 労働者保護・労基署実務・助成金審査の観点から最も安全です。

有給をゼロにすることは、 労働者の不利益変更と判断される可能性が高く、 助成金審査においても不支給・返還等のリスクが生じます。

助成金への致命的なダメージ
　審査中： 不支給
　受給後： 全額返還 ＋ 最大20%の加算金
　悪質な場合： 企業名の公表

会社がとるべき正しい対応
　前職の入社日を基準に、時効（2年）を過ぎていない有給の残日数をそのまま引き継ぎ、管理するのがの正解です。

目先のコスト削減による「有給リセット」は、会社を揺るがす大ダメージに繋がります。助成金申請の前に、まずは適正な労務管理を徹底しましょう。